129 来自黑暗组织的女子 柯南的班级转来了灰原哀。隔壁班级的一个男孩因为哥哥下落不明而来委托少年侦探团。寻找的时候发现了一个黑衣女子的身影……。那个组织的真面目到底是？然后，博士，灰原和柯南去广田教授家拿软盘，可是…… 176-178 与黑暗组织的再会柯南和小哀在放学的途中看到了和琴酒的车一样的车……！柯南在车上放了窃听器。车子的主人果然是琴酒。窃听器被琴酒发现后毁掉了。仅仅留下了在杯户城市酒店会有什么事发生的线索。 柯南和小哀去了杯户城市酒店。杯户城市酒店内举办的酒卷昭的怀念会上发生了杀人事件 柯南找到犯人的线索。但是混杂在人群中的小哀被什么人带走了！回到原来雪莉的身体的小哀，琴酒和伏特加来到了关她的房间，她从壁炉的烟囱里想办法逃了出来……。柯南分析出了皮斯可的真面目，为了救出小哀跑向关她的房间，然后皮斯可出现了。 185-186 名侦探遇害记（前篇） 小五郎和兰和柯南住进了建在山里的山庄。在那里住宿的客人中有“城市猎人”节目的演员砂冈和工作人员。小五郎和大家一起去烧烤，不久听到了枪声，砂冈被杀害了 砂冈被枪杀了，来福枪在山里被发现所以认为是外部的人干的。但是有疑点，明白山庄里的人物也可以杀人后，柯南明白了犯罪的手法。 187 黑暗中的神枪响 小五郎接受古川悦子的委托保护它的母亲。然后在古川家等待悦子回来的时候知道了家属和女佣之间发生了很多金钱上的纠纷。悦子回来后去母亲的房间叫母亲时从母亲的房间传来了枪声。 188 生死一瞬间-侦探队洞窟探险记 和阿笠博士去露营的少年侦探团们。柯南他们去拾柴，发现了一个山洞，进去一看碰到了正在搬运尸体的可疑男子。柯南被犯人的枪射中了。 189 生死一瞬间-负伤的名侦探 把重伤的柯南背在背上的侦探团们根据洞里的暗号开始寻找出口。好容易找了出口后，犯人追了出来被正好赶来的目暮警官们带走了。柯南被迅速送到了医院。小兰确信了柯南就是新一。 190 名侦探遇害记-第三个选择 柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南！同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。 191 名侦探遇害记-黑衣骑士 在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！ 192 生死一瞬间-新一回来了 变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。 193 生死一瞬间-约会的地点 新一明白了在米花中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。 230-231 谜样的乘客 GIN与VODKA在密谈，然后又来了VERMONT。博士与少年侦探团坐巴士汽车去滑雪旅行。途中站上又有其他客人和新出医生、朱蒂老师一同上车 突然灰原开始颤抖……这时有个两个男人持枪劫持巴士。柯南等人遇到了巴士劫持，柯南发现到除了这两个男人之外还有一名同伙。劫持犯以为可以无事脱逃却不意启动了炸弹的起爆装置。灰原还在巴士中…… 286-288 工藤新一New York 事件 柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎洛比亚德的形象。 小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎洛比亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。 新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。 304 震动的警视厅-1200万人质 佐藤刑警在处理邮局强盗事件时想起了3年前的连续爆炸事件。她不能忘记用自己的生命换来炸弹停止引爆的松田刑警。而后，与三年前发生事件的同天11月7日，又收到了预告爆炸的传真，并且发送者似乎与三年前的连续爆炸事件的犯人是同一人。佐藤、高木和柯南与少年侦探团试图通过电传的文字推出爆炸所在的地点... 309-311 和黑暗组织的再会 系统工程师板仓可能与黑色组织有关。柯南得到了他留在MO上的日记，到阿笠博士家的电脑上打开日记。日记中详细记载了板仓与黑色组织接触的经过。 板仓屈从组织的胁迫，同意买给对方正在开发中的系统程式，并知道他为交付的日期所迫。柯南考虑冒充板仓氏参与交涉。 柯南为了和黑色组织进行交涉搭了过路的顺风车匆忙赶向东京，但那辆车却是宝石强盗犯逃走乘坐的车辆。接近目的地时，柯南使用麻醉枪和新武器--足球射出腰带，将宝石强盗犯关在了车里。柯南拜托阿笠博士善后，独自一人走向了交易的现场。 338-339集 4台保时捷 柯南和阿笠博士带发烧的哀去东都百货附近的诊所。在地下停车场与4台保时捷车主相识。他们同乘一部车去打高尔夫球。但是其中有一个人喝醉了，其他人去了百货商店。随即这个喝醉酒男子的尸体被发现。柯南阿笠博士带着发烧的小哀去医院方向，在东都百货的地下停车场遭遇杀人事件。 被害者是乘保时捷打高尔夫球回来途中的其中一人。目暮警部分别调查3人，事件发生时的不在场证明成立，3个人的保时捷车内照片被柯南发现… 345 与黑暗组织直面对决—满月之夜的二元推理 毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机… 356 怪盗基德的惊异空中步行 园子的亲戚，铃木财阀的顾问次郎吉在报纸上发出了一张给基德的挑战书。让他来盗取大宝石“大海的奇迹”……基德接受了挑战，说他前一天会演一出好戏。惊慌失措的警察们戒备森严，就在这种情况下，基德登场了！！到底女神微笑的是侦探！？还是怪盗！？ 394-396 奇异屋宇的大冒险 阿笠博士和少年侦探团一起去露营.在拾柴的途中,少年侦探团在森利福建发现了刻有文字的石箱.当即决定前往发现这个箱子的破屋.阿笠博士指出箱子很有可能是石灯笼的灯罩.柯南在沼泽中搜索着更多的线索,结果发现了很多灯笼的灯罩.不一会功夫,柯南发现了被石灯笼掩埋的叫玉井照尚的寻宝猎人的遗体,步美准备解开这个宝藏的暗号... 在怪屋中探宝的柯南等人，引起了怪盗基德的防范。在一楼的元太得到寻宝猎人须藤云造的帮助，才没有落入台阶的陷阱中。后遇到了与他的同伴推沙利奈。一边防范机关一边寻宝的元太，光彦，步美，哀在三楼掉入陷阱，从三楼地板上掉下去了… 少年侦探团与须藤云造,推沙利奈,千住等人一起找到草藉之剑从而发现下一个寻宝地点,在快到地下出口的地方发现八条瀑布.柯南认为在各条支流都会有剑.之后再水路中发现刺入剑的台座.柯南向台座方向前进,找寻到全部密码.不过并不能了解其中的含义.另一方面,少年侦探团与须藤等人分手了之后,小哀似乎对这个意外有自己见解... 425 被组织的魔掌触碰的瞬间 小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么，随即展开了推理… 469-470怪盗基德与四幅名画 画家及川武赖的别墅收到了怪盗KID的犯罪预告函。被当作目标的是及川的最新作品《青岚》，预先告知的犯罪时间是20点。中森警长在指挥现场的警戒任务，小五郎，柯南等人也受到委托前往别墅。在距离犯罪预告的时间还有30分钟的时候，及川因为想前往工作室确认下画的情况, 希望可以关闭10分钟左右的监视摄像机。可是，在及川结束对画作的确认时，别墅突然停电了…。 新作品《青岚》从画家及川武赖的别墅被偷走，同时及川的岳父神原晴仁被人用小刀刺死。目暮警长判断是罪犯是怪盗KID的可能性很高。柯南注意到怪盗KID已经变装成目暮警长，佐藤刑警，高木刑警，千叶刑警中的一人，于是前往新闻报道团队中打听情况。此后，柯南在工作室前向防暴队员们详细询问起了停电时候的样子…。 472-473 新一少年时的冒险 柯南等人正在帝丹小学的图书室读书。此时，小林老师在书架的空隙中发现了什么。那是个破旧的皮革钱包，中间放有1张纸。柯南对这个钱包有种似曾相识的感觉…。10年前，小学一年级的新一和小兰为了查明学校有妖怪出没的流言的真伪，在满月之夜潜入小学的图书馆中。在那里，新一从谜样男子那里得到了这个皮革钱包，并接受了解读纸上记录下的暗号的挑战…。 柯南在图书馆继续诉说着对那个钱包的回忆。10年前，接受谜一样的男子挑战的新一与小兰，阿笠博士一起破译了第1个和第2个暗号，第3个暗号“消除OKUHO的证据 用混浊的声音紧咬住孤独”。新一破解出暗号的前半部分后前往奥穗邮局。由于前2次都是将暗号隐藏在红色的东西上，所以新一直奔红色的邮筒而去，打算寻出端倪…。 492 红与黑的碰撞开始 柯南将取得了本堂瑛佑小时候和父亲的照片一事，及本堂的父亲等人的会话内容在电话里告知了平次。2人觉得本堂的父亲与黑色组织之间似乎有某些关联。电话后，柯南与小兰、园子一起前往西米花医院看望初中时的同学。探望后出来，园子在医院的走廊看见了本堂。本堂手持水无怜奈的照片向护士打听着什么…。 493 红与黑的碰撞血缘 柯南他们拿出了本堂的姐姐的照片，庵野说很像怜奈年轻时候的样子。庵野还特地确认了以前的录像带，录像带的内容是工厂爆炸事故的新闻报道。因为需要输血，护士在寻找AB型血的人，此时，怜奈出现在屏幕中，称自己是AB型血。于是，本堂说怜奈不是自己的姐姐。此时，柯南想起本堂曾经说过他的血可以输给任意其他人的事情... 494 红与黑的碰撞绝叫 奥平角藏委托小五郎调查1年前儿子锻吾不幸身亡的事件，他认为凶手就是家中的某个人。事件发生的当天晚上19点到24点，角藏和妻子咏子、佣人菊代、管家濑川一起在房间里观看录像带。就在这段时间里，儿子锻吾溺死在家中的池子里。死亡时间推定为晚上21点到22点。听了奥平角藏的叙述，小五郎认为凶手不可能是家里的人…。 495 红与黑的碰撞冥土 上吊致死的角藏的脚边，放着一本名为《来自黄泉的杀手》的书。封面上的“黄泉”两个字沾有大量血迹，而且还有用血写成的像是平假名“こ”的字。目暮警官等人认为这是死者留下的死亡讯息，于是推断凶手便是死者家中的某一人。就在警官一一确认众人的不在场证明时，柯南留意到了桌上角藏的便条本…。 496 红与黑的碰撞昏睡 柯南跟灰原说，本堂瑛佑的姐姐不是水无怜奈。回家后，柯南从兰那里得知，进入寒假后本堂就不见了。而寒假前，本堂曾经跟兰说过，在杯户中央医院找到了水无怜奈的线索。柯南认为本堂已经知道了水无怜奈住入的医院了。可是，本堂说的线索，是关于他父亲的，他似乎找到了他父亲公司里的同事…。 497 红与黑的碰撞侵入 杯户中央医院的护士告诉柯南，本堂瑛佑曾经在另一家医院做过大手术。本堂得的好像是白血病，在举家搬迁到大阪前，在医院里做了手术。之后，FBI的詹姆斯报告说，已经查出了3位嫌疑犯，可能是潜伏在医院的组织成员。这3个人分别是，右脚骨折的新木张太郎、颈椎扭伤的楠田陆道、急性腰痛的西矢忠吾。詹姆斯他们想尽办法找出真正的黑衣组织成员…。 498 红与黑的撞击搅乱 几乎是在同时，医院附近发生了集体食物中毒、异味气体泄漏、火灾3件突发事件。那时，医院里又收到了寄给詹姆斯的快递。寄件人竟然是与黑衣组织相关的、已经自杀的楠田！包裹里是一个洋牡丹的盆栽植物。之后，3件突发事件中受伤的病人涌入医院，造成守在门口的FBI成员无法一一确认身份，一片混乱。此时，赤井发现了设置在盆栽中的炸弹…。 499红与黑的撞击 伪装 60多个伪装成看望病人的礼品的炸弹，被黑衣组织送进了杯户中央医院。FBI搜查官们不得不在各个病房中回收炸弹，这时，病房里的电视节目中出现了身着病服的水无怜奈的画面。大吃一惊的FBI搜查官们一同赶往了水无怜奈的病房，发现她好好地躺在病床上。原来，电视里播放的画面是用以前的图像合成的。黑衣组织通过炸弹上装的发信装置，确定了水无怜奈病房的位置。詹姆斯察觉到中了黑衣组织的计谋，决定实行最后一套方案…。 500红与黑的撞击 遗言 FBI兵分3路，企图将基尔（水无怜奈）带出医院。琴酒准确地判断出基尔（水无怜奈）在3号车上，并追踪而去。3号车的司机卡梅尔想要甩开组织的跟踪，撞上了路边的栏杆。水无怜奈突然出现在副驾驶座上，千钧一发之际，3号车突然爆炸了…！？ 501 红与黑的撞击 嫌疑 柯南和元太、步美、光彦、阿笠博士、灰原一起去新米花宾馆吃自助餐。途中，柯南跟灰原说起了这次的事情。到达宾馆后，柯南他们发现高木刑警也开着巡逻警车来了。据说，在宾馆发生了杀人事件。被害人是位于宾馆39楼的艺人事务所所长，好像是秘书发现了上半身中了好几枪的所长…。 502 红与黑的撞击 洁白 恩斯，哈鲁?巴库那，FBI的CAMEL探员三人中的一人。随后，千叶刑警在屋顶的用具里雨衣、手套、手枪后，秘书伊莉娜也成了嫌疑犯中的一人。调查遗体后，柯南决定从似乎握着什么的右手着眼调查。随后发现桌子上的备忘录用纸和钢笔杆。而此时，GIN为了消除疑虑，向Kir传达了让赤井秀一从这个世界上消失的命令。 503红与黑的撞击 决死 须内的被杀事件，调查工作一度没有进展，随着时间的推移，嫌疑犯哈尔?巴库纳和秘书率先获得了自由，回到自己的工作岗位，托比对此无法理解。 之后，柯南发现了犯人拿走备忘录的原因，并跟目暮警官说自己知道了识别出犯人的办法。这个办法就是准备好4把椅子，然后念出一句咒语，犯人就会自动现身。 目暮警官让4位嫌疑犯集合在一个房间里，并让他们站在4把椅子前，对他们念出了那句咒语...... 504红与黑的撞击 殉职 赤井秀一和基尔按照约定在来叶崖碰头。之后，基尔用手枪射穿了赤井的肺部。通过监控关注事态发展的琴酒对基尔下命令，要她彻底解决赤井秀一。基尔再次将枪对准了赤井的头部，并开枪射击。由于远处传来警车的鸣笛声，基尔在赤井的尸体旁放置了炸弹之后，便驾车离去。当警车就要靠近赤井的车的时候，炸弹爆炸了...... 511 推理对决！新一VS冲矢昴 收到小兰发来的新的纸飞机的图像彩信，柯南认为画在纸飞机上的图形是手机信号的标记。冲矢也推理出放飞纸飞机的人是被关在无法收到电波信号的地点。此后，电视中报道了逃跑中的绑架犯跳海自杀的事情。而被绑架的造船公司经理去向不明。而冲矢也推理出了那名社长使用放飞纸飞机来迷惑犯人…。 515 怪盗基德的瞬间移动魔术 铃木园子的叔叔铃木次郎吉特地花高价买了一双半高跟凉拖鞋——“紫红指甲”。它是传说中神圣罗马帝国的君主玛丽亚·特蕾莎也被吸引的，梦幻的宝贝哦！脚尖闪烁着的是100克拉的紫水晶。铃木次郎吉想用它来和怪盗基德一决高下，还把地点放在了锦座4丁目的步行街正中，为的是用高高的网让基德飞不起来好让他束手就擒。结果基德最后自信满满地对着记者说自己逃脱的方法就是：Teleportation(瞬间移动）！后来他真的就在短短的20秒之内移动到了30米以上的的大厦顶端！不过这次他只拿走了一只鞋，因为另一只被铃木次郎吉掉了包，于是他便说第二天再来拿另一只…… 521 杀人犯、工藤新一 收到自称屋田诚人寄来的关于1年前工藤新一所破解的杀人事件的推理存在疑点的信的平次，约上小五郎、柯南、小兰、和叶前往东奥穗村。平次等人在拜访村公所的时候，柯南则独自一人进入了森林。原来随信还有附寄给新一的一封信，约在山中小屋见面。此时，柯南突然感到莫名的痛苦。原来柯南在感冒后，从阿笠博士那里得到的药，居然是小哀研究出的APTX4869的解毒剤的试制品。小兰等人为寻找柯南，进入森林，却意外与新一相见。但是，新一因丧失记忆，甚至连小兰都忘记是谁了…。 522 新一的真相隐藏于小兰的眼泪之中 为了找寻丧失记忆的新一而走入森林的小兰，在撞见死罗神后滑落悬崖昏迷过去。此后，平次等人在山中小屋发现了不知去向的小兰。平次发现了化妆用的白色假发，认定这个小屋的主人就是死罗神。随后在小屋内发现了被粉碎地劈开的新一的照片和零乱的镜子碎片的平次，参透了事件的真相，让城山召集大家到泷德家。然后，平次开始在大家聚集的泷德家进行解谜。原先认定新一不可能刺杀他人的平次，却清楚的断定新一正是那刺入他人要害的真凶… 523 真正想问的事 在高速公路上驾车行驶的古城郡平被人勒死了。但是车子依旧在古城的驾驶下行驶着。嫌疑犯是沟端理子，忠田笃男，下鸟太志3人。理子是古城的女友，忠田是与古城率领的暴走族队伍对抗的另外一只队伍的领队。下鸟则是不久前因交通事故而死的古城队伍的队员彰的父亲。就在新一和平次共同识破犯人诡计的时候，却感到要变回柯南的前兆袭来…。 532 初恋的伤痕兰看了某个名门大小姐买的彩票中了1亿日元的新闻。那位名门大小姐希望将中奖的彩票送给小时候遇到交通事故时为保护自己而受了重伤的一个少年，据说那个少年身上有一道笔直的伤痕。正在这时，新闻中的名门大小姐庄堂和她的管家保谷出现了。因为有2个自称是那个少年的男人出现了，所以希望能查清楚谁才是当年的那个少年。小五郎、柯南等人马上去拜访了那2个人所在的庄堂家…533 呼唤过去的伤痕 保谷的背上也有一条笔直的伤痕，保谷是犯人的可能性大幅提升。柯南从小五郎那里详细了解了20年前的事件经过之后，开始整理与少年有关的信息。柯南感觉少年就在这3个人当中。随后，大家在享用夜宵寿司的时候，柯南向小五郎发射了麻醉枪。柯南讲明了谁是那个少年。之后，目暮警部对剩下的2人展开了是否是20年前的犯人的甄别…。534 新伤痕与吹口哨的男人 犯罪心理学家平栋在自家公寓被杀。在平栋的背上留下了一号类似“Z”的伤痕，目暮警部等人认为案犯是与松本追捕的连续杀人犯为同一人。赶往现场的松本指示佐藤刑事等人要详细搜查，高木则被派往调查过去3名受害者的家属与平栋事件之间的联系。柯南在听过高木有关调查3名受害者家属的情况后，发现了相连的共同点…。 535 旧伤痕与刑警之魂 柯南和高木刑警找到了4位被害人一起打麻将的麻将馆。根据店员的说法，4个人一边推理案件一边打麻将，但在说完完全犯罪的话题后，除了平栋以外就没看到其他几个人。而且柯南等人还得到了有可能是犯人的客人的消息。那位客人是因为强盗杀人而服刑15年，前几天才刚刚出狱的鬼保独郎。警察虽然抓住了鬼保但是… 537 怪盗基德VS最强金库（前篇） 怪盗基德给铃木次郎吉送了一封预告函。这次基德盯上的是驰名于幕府末期的机关师的大金库铁狸。但是因为这次预告函上的画和以前基德所画的不同，所以次郎吉认为是有人在假冒基德。当到了预告所说的新月之夜，次郎吉在铁狸内装配了能感知重量的传感器，并夸口说即使是基德也不能靠近金库，但中森警部在铁狸前发现了一张卡片。而那才是真正的基德所发出的预告函… 538 怪盗基德VS最强金库（后篇） 柯南对于次郎吉在对付基德的警备配置过程中奇怪的行动困惑不解。根据瑞纪所言，最近他在日常生活中也有许多让人不解的行为。唯独晚餐要在自己的房间内享用，其后必定会少掉两张盘子。看上去神采奕奕，可是视察铁狸的时候却柱着拐杖，有时会一个人在房间内似乎在和谁交谈。就在柯南反复思索这一系列无法理解的行动时、预计基德会现身的时刻。次郎吉却义无返顾地扬长而去。当中村警部再次确认铁狸时…
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