新手求助：用perl处理fasta文件

显示全部楼层 · 2010-9-11 11:30:49

我刚刚学习perl语言，之前是生物背景对编程不是很熟悉。现在要处理一上万条肽段的fasta格式的文件，需要统计每个肽段的长度。我希望写成一个脚本程序，但是读入不是很会写，希望高手指点一二，小妹不胜感激

千问 · 2010-9-11 11:30:49

不需要你自己重新来写，单枪匹马，刀耕火种，不是一个好的办法。正好我也在做bioinformatics这块儿，学了点bioperl，我帮你写了个小脚本，用这个工具能很快捷的搞定你的序列！！我大致给你说下，具体自己上bioperl网站看How To。现在假定你的序列都为fasta格式，先用cat *.fasta > single_all_fasta.fasta将所有fasta序列整合到一个fasta格式中。然后编写bioperl脚本（你要事先安装bioperl，在debian和ubuntu下很简单，自带源里就有，直接sudo apt-get install bioperl即可，很方便），你参考下：脚本使用方法为： per