测序法检测SNP，结果一个突变都没有？什么原因？

显示全部楼层 · 2011-6-2 17:28:29

测序法检测SNP，PCR了一段序列，包含一个外显子区及其两端相邻的内含子的几十个bp，Pubmed上该外显子区有4个突变，其中MAF最大的为29.5%，但测序结果回来，200多个样本（病例对照各半）的该外显子上竟没有一个突变，这是什么原因呢？尤其是对于MAF为29.5%的位点，按道理应该有83个左右的杂合子，17个左右的突变纯合子吧？开始以为样品污染了，但空白对照并没有产物生成，而且发现该外显子相邻的内含子区的一个突变（MAF约为50%）却检测出来了，野生纯合、杂合和突变纯合子都有，所以应该排除样品污染吧。那为什么我的外显子上却一个突变都没有呢？还有200个样本没测序，接下来我应该怎么办呢？还要继续测下去吗？谢谢！

千问 · 2011-6-2 17:28:29

检测单个的SNP是不一定的，每个人致病的未定应该是不一样的，如果i能够吧所有的致病位点全部包括，可能会找到有用的信息，做一个全外显子的吧...

千问 · 2011-6-2 17:28:29

继续测下看看吧，或许是取样的问题。建议到小木虫请教下高人。祝好运~...