怎样计算核苷酸的频率

显示全部楼层 · 2009-1-1 20:43:10

给定一条DNA序列TCGCTCGTGGCCATG，分别计算核苷酸C和G的出现频率，以及两联核苷酸CG的出现频率，并计算两联核苷酸CG的相对丰度值（dinucleotide relative abundance），并对该值的意义进行解释。

千问 · 2009-1-1 20:43:10

这个应该还是比较容易的吧，序列很短单个核苷酸频率很容易计算，Nt/N，Nt为单个碱基在序列中出现的次数。二联核苷酸频率的计算P=Nw/(N-1),Nw为二联核苷酸在序列中出现的次数。二联核苷酸相对丰度值就是Tij=Pij/(PiPj),其中Pi是单个核苷酸出现的频率，Pij表示二联核苷酸出现的频率。对于随机序列，且相邻两核苷酸相互独立，理论上Pij＝piPj，也就是说相对丰度值应为1，所以1－Tij可作为序列对二联核苷酸偏性的测量。DRA反映了两个相邻碱基之间的相关程度。...