公元2000年，南极发生了大爆炸，冰封的大陆在一瞬间融化，引起世界海洋水位上涨甚至海啸，淹没了地球上的很大一部分陆地，随后，内战、民族纷争、自然灾害接踵而来，人类因此灭亡了一半。这次灾难被称为“第二次冲击”（The Second Impact)。在圣经《创世纪》记载中，神用洪水毁灭一切生物，只是指示挪亚制造方舟带上一家人和地球上的部分生物以重建家园，这被称为“第一次冲击”。联合国对外界说是外星来的巨大陨石撞击，其实是葛城探险队在南极意外地发现了亚当（第一使徒）的胚胎，结果因故发生大爆炸。在TV版和剧场版中没有对此作完整的说明，TV版中讲到在南极出现的与EVA非常相似的“光之巨人”（第二使徒）是造成爆炸的原因，还有后来的南极爆炸时出现的巨大天使翅膀。在剧场版中出现了光之巨人失控展开两对翅膀发生大爆炸的画
