BizTalk Server 2006 将建构于 BizTalk Server 2004 的核心架构上，并在应用程序到应用程序、商务到商务和商务处理流程自动化等向度上做大幅的改进。·更好的管理和操作 - BizTalk Server 2006 将替 IT 系统管理员建立新的产能列，提供全新的 BizTalk Server 企业开发管理和操作能力。所提供的新管理主控台可以更妥善地支持 BizTalk 服务器和所执行应用程序的管理、监视和部署。 ·增强商业使用者的能力 - BizTalk Server 2006 将透过扩充 BizTalk Server 2004 所提供的 Business Activity Services (BAS) 和 BAM 等能力、更妥善地与 Windows SharePoint Services 整合、以及实时地支持商务活动订阅和通知，赋予商业使用者更大的能力。 ·更深入的 Windows Server 系统支持 - BizTalk Server 2006 将透过包含 x86 架构的 64-bit Windows Server 2003 操作系统版本，以及支持最新版的 Microsoft SQL Server 2005、Microsoft Visual Studio 2005 和 Microsoft Virtual Server 2005，更深入地支持 Microsoft Windows Server System 整合服务器软件。
