想问下各位高人，设计引物时没有所找物种的基因序列，想问下怎么进行多物种序列比对，找到相对保守区域呢

显示全部楼层 · 2012-8-15 13:25:20

找近缘种，越近越好，的那个基因都下下来ncbi或软件都可以比对，找高度保守区具体操作为，蛋白序列和DNA序列都下，从连着7-8个蛋白保守区处比着DNA设计引物，如果有四个是G，两个是A就选G，要是一半一半就设计简并引物。一个引物简并引物不能超过3个！...

千问 · 2012-8-15 13:25:20

在NCBI上寻找亲缘关系较近的物种的序列，根据这个序列设计引物我们实验室一师姐就是这么做的，他要设计马氏贝的金属硫蛋白基因的引物，但是NCBI上找不到，但是可以找到大珠母贝金属硫蛋白基因序列。他根据后者设计的引物。序列比对可以用NCBI上的blast，也可以用一些软件完成。具体方法网上搜搜，打字大的很麻烦...