开启二周目，这是二周目的攻略通关以后读取存盘，博士将我带到研究所里将妖怪图鉴升级为 386 图鉴（需要妖怪捕获数在 60 只以上）之后来到库吉市的码头，坐船回到一号小岛，和 PC 屋右边的那个博士谈话之后他把船票和地图升级，然后往北走，来到捉火鸟的山脚下，上了台级往右走，在尽头发现两个火箭队的成员守在一个山洞口，和他们对战后，进入山洞，在最深处找到了一块红宝石，出了山洞，回到一号岛屿的 PC 屋里，将刚才在山洞得到的红宝石交给右边的博士，出了 PC 屋，来到码头，现在以经可以坐船去四号小岛。 来到四号小岛，（冰天王康娜的老家），发现了一个妖怪饲养屋，现在才可以让妖怪生蛋，另外还在一个居民家里得到进入训练员塔的通行证，从四号岛屿上右边的小水塘里游...
