这个是主语从句。it是形式主语，后面 what controls the flow of carbon dioxide in and out the atmosphere today.是真正的主语。由于主句里缺主语，又根据意思，所以要用what, that无意义。意思是：如今，众所周知是什么控制着二氧化碳进出大气层。
你可能以为that放进去成为了强调句，不要看到It is后面就以为一定要加that.但是事实上，这句话你还没有真正搞清楚，“what controls the flow of carbon dioxide in and out the atmosphere today”作understood的宾语，所以，what引导后面的宾语从句。
