“鸟枪法”

显示全部楼层 · 2007-4-2 23:03:01

基因测序“鸟枪法”，也俗称“霰弹法”。简单地说，它有点类似生活中玩的拼图游戏。拼图游戏是将一个完整的画面分成杂乱无章的碎块，然后重新拼装复原。而“鸟枪法”则是先将整个基因组打乱，切成随机碎片，然后测定每个小片段序列，最终利用计算机对这些切片进行排序和组装，并确定它们在基因组中的正确位置。
“鸟枪法”最初主要用于测定微生物基因组序列。近年来，美国塞莱拉公司先后利用改进的全基因组“鸟枪法”完成了果蝇和人类基因组的测序工作，证明了它在测定大基因组上的可行性和有效性。
“鸟枪法”优点是速度快，简单易行，成本较低。但用它来测序，最终排序结果的拼接组装不太容易。中国科学家设计出了一种序列组装软件，能有效克服“鸟枪法”全基因组测序组装过程中的困难。
在研究中，他们首先在整个水稻基因组上生成许多已知长度的DNA（脱氧核糖核酸）切片，然后使它们按DNA序列的重合区域进行排列。这些切片数量足以覆盖水稻基因组4次。科学家们接着确定每个切片的碱基对序列，并用计算机程序将其组装成更长的片段，然后将这些片段排序、装配成10万多个被称为支架的更大组件。
他们设计出的软件重点是通过支架水平上的接近来进行组装，并采取了独特的重复序列处理算法，可识别并暂时屏蔽占水稻基因组约40％的重复序列。这样做的好处是既能减少计算量，又最大限度降低了错误拼接的可能性。
美国珀杜大学植物遗传学家贝内特泽恩评价说，中国科学家的水稻基因组计划，“提供了一个有关鸟枪测序法速度和效率的极好范例”。

千问 · 2007-4-2 23:03:01

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