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作者ThomasBee(Tom),信区:Bioinformatics
标题如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月18日18:01:13星期五),转信
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如果我现在知道一个EST，想知道它所在的mRNA的全长序列，应该怎么做？
多谢！
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作者Feynman(KaKa),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月18日18:02:50星期五),转信
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啥物种啊?
ThomasBee (Tom) 在 ta 的帖子中提到：如果我现在知道一个EST，想知道它所在的mRNA的全长序列，应该怎么做？多谢！
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作者invoker(junkDNA),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月18日18:39:30星期五),转信
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一个？？？
ThomasBee (Tom) 在 ta 的帖子中提到：如果我现在知道一个EST，想知道它所在的mRNA的全长序列，应该怎么做？多谢！
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作者lylover(白愁飞(cinderella)),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月18日21:23:23星期五),转信
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下refseq里面的mRNA文件，然后做TBLASTX。
如果是没有Refseq的物种，那么，做实验吧。
ThomasBee (Tom) 在 ta 的帖子中提到：如果我现在知道一个EST，想知道它所在的mRNA的全长序列，应该怎么做？
多谢！
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作者yix(Punk),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月19日05:55:29星期六),站内信件
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ifyouhaveanESTwithanovelspliceform,thebestwaytogetthefulllengthisoformistodofull-lenghtisoformassemblyfromsplicegraphs.alternativelyyoucanuseareferencemRNAsequence(likeaRefSeqsequence)asthetemplate,andconstructyourisoformbyswappingsplicepatternsinthereferencesequencewithwhatisobservedinyourESTsequence.Checkthefollowingpapers.Youmighthavetodocertainamountofprogrammingbyyourselftoimplementthesemethods.
KanZ,StatesD,GishW.SelectingforfunctionalalternativesplicesinESTs.GenomeRes.2002Dec;12(12):1837-45.
HeberS,AlekseyevM,SzeSH,TangH,PevznerPA.SplicinggraphsandESTassemblyproblem.Bioinformatics.2002;18Suppl1:S181
XingY,ReschA,LeeC.Themultiassemblyproblem:reconstructingmultipletranscriptisoformsfromESTfragmentmixtures.GenomeRes.2004Mar;14(3):426-41.
ThomasBee (Tom) 在 ta 的帖子中提到：如果我现在知道一个EST，想知道它所在的mRNA的全长序列，应该怎么做？多谢！
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作者ThomasBee(Tom),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月19日17:00:25星期六),转信
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Thanksalot!
yix (Punk) 在 ta 的帖子中提到：ifyouhaveanESTwithanovelspliceform,thebestwaytogetthefulllengthisoformistodofull-lenghtisoformassemblyfromsplicegraphs.alternativelyyoucanuseareferencemRNAsequence(likeaRefSeqsequence)asthetemplate,andconstructyourisoformbyswappingsplicepatternsinthereferencesequencewithwhatisobservedinyourESTsequence.Checkthefollowingpapers.Youmighthavetodocertainamountofprogrammingbyyourselftoimplementthesemethods.KanZ,StatesD,GishW.SelectingforfunctionalalternativesplicesinESTs.GenomeRes.2002Dec;12(12):1837-45............................
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作者ThomasBee(Tom),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月19日17:51:06星期六),转信
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Isthereanyexistingdatabase?
yix (Punk) 在 ta 的帖子中提到：ifyouhaveanESTwithanovelspliceform,thebestwaytogetthefulllengthisoformistodofull-lenghtisoformassemblyfromsplicegraphs.alternativelyyoucanuseareferencemRNAsequence(likeaRefSeqsequence)asthetemplate,andconstructyourisoformbyswappingsplicepatternsinthereferencesequencewithwhatisobservedinyourESTsequence.Checkthefollowingpapers.Youmighthavetodocertainamountofprogrammingbyyourselftoimplementthesemethods.KanZ,StatesD,GishW.SelectingforfunctionalalternativesplicesinESTs.GenomeRes.2002Dec;12(12):1837-45............................
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作者yix(Punk),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月19日17:53:00星期六),站内信件
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databaseforwhat?ThomasBee (Tom) 在 ta 的帖子中提到：Isthereanyexistingdatabase?
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作者ThomasBee(Tom),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月19日17:56:50星期六),转信
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forfull-lengthisoformswhichwereassembledfromESTs
yix (Punk) 在 ta 的帖子中提到：databaseforwhat?
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作者yix(Punk),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日13:02:51星期天),站内信件
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iamsurprised...ithinkyouknowwherearethesedatabasesThomasBee (Tom) 在 ta 的帖子中提到：forfull-lengthisoformswhichwereassembledfromESTs
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作者ThomasBee(Tom),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日15:47:51星期天),转信
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ASP?Butonlytranslatedproteinsequences.
yix (Punk) 在 ta 的帖子中提到：iamsurprised...ithinkyouknowwherearethesedatabases
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作者lylover(白愁飞(cinderella)),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日15:49:22星期天),转信
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ft啊，这个，你不能拿个refeseq比对回去吗？嗬嗬
ThomasBee (Tom) 在 ta 的帖子中提到：ASP?Butonlytranslatedproteinsequences.
yix (Punk) 在 ta 的帖子中提到：iamsurprised...ithinkyouknowwherearethesedatabases
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作者ThomasBee(Tom),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日15:51:05星期天),转信
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RefSeq里面的mRNAisoform恐怕很不全吧？
lylover (白愁飞(cinderella)) 在 ta 的帖子中提到：ft啊，这个，你不能拿个refeseq比对回去吗？嗬嗬ASP?Butonlytranslatedproteinsequences.
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作者Feynman(KaKa),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日15:59:09星期天),转信
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yix不是说了吗,要是寻找novelisoform,需要自己动手来搞的
ThomasBee (Tom) 在 ta 的帖子中提到：RefSeq里面的mRNAisoform恐怕很不全吧？
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作者lylover(白愁飞(cinderella)),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日18:43:23星期天),转信
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拿蛋白序列比对genomesequence，然后把比对出来的genome序列抽出来就行了。
或者比对EST库，然后自己拼接。这已经足够一个工作了，完整的。不过，是不是有人已经做过？
ThomasBee (Tom) 在 ta 的帖子中提到：RefSeq里面的mRNAisoform恐怕很不全吧？
lylover (白愁飞(cinderella)) 在 ta 的帖子中提到：ft啊，这个，你不能拿个refeseq比对回去吗？嗬嗬ASP?Butonlytranslatedproteinsequences.
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作者aroluna(踏雪寻芳踪),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日20:24:09星期天),转信
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有这样一种现象，我做的那个gene实际是有12个exons的在它的genomestructure上但是事实是实验得到的全长的isoform是不利用exon7的那么如果这样子去预测的话，我觉得很多gene是和我做的gene有类似情况的，那么bioinformaticsprediction就不准确了，对于一大堆gene的database可行，并且还有一个概率上的可信性吧对于单个gene，很不实际的说，我是这么觉得
yix (Punk) 在 ta 的帖子中提到：ifyouhaveanESTwithanovelspliceform,thebestwaytogetthefulllengthisoformistodofull-lenghtisoformassemblyfromsplicegraphs.alternativelyyoucanuseareferencemRNAsequence(likeaRefSeqsequence)asthetemplate,andconstructyourisoformbyswappingsplicepatternsinthereferencesequencewithwhatisobservedinyourESTsequence.Checkthefollowingpapers.Youmighthavetodocertainamountofprogrammingbyyourselftoimplementthesemethods.KanZ,StatesD,GishW.SelectingforfunctionalalternativesplicesinESTs.GenomeRes.2002Dec;12(12):1837-45............................
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作者aroluna(踏雪寻芳踪),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日20:33:23星期天),转信
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这个方法可行？也许你比对后拼接的fullisoform根本就不存在呢？或者在某些情况下，有exon交换利用情况，怎么办？
lylover (白愁飞(cinderella)) 在 ta 的帖子中提到：拿蛋白序列比对genomesequence，然后把比对出来的genome序列抽出来就行了。或者比对EST库，然后自己拼接。这已经足够一个工作了，完整的。不过，是不是有人已经做过？RefSeq里面的mRNAisoform恐怕很不全吧？
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作者Feynman(KaKa),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日20:36:21星期天),转信
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呵呵,lylover最怕这样的问题了...不过bioinfor更多是用来找规律的,而不是用来解决特例的,我这么认为
aroluna (踏雪寻芳踪) 在 ta 的帖子中提到：这个方法可行？也你比对后拼接的fullisoform根本就不存在呢？或者在某些情况下，有exon交换利用情况，怎么办？
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作者aroluna(踏雪寻芳踪),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日20:36:56星期天),转信
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^_^，我是做实验的嘛：）
Feynman (KaKa) 在 ta 的帖子中提到：呵呵,lylover最怕这样的问题了...不过bioinfor更多是用来找规律的,而不是原来解决特例的,我这么认为
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作者kingsyl(Healthyisfirst.),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日20:40:03星期天),转信
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做实验的提问往往是最直接的.前几天我就和一个做实验的合作过,为了解决她提的问题(预测一个相互作用位点),我努力寻找,计算,再寻找,...最后还是没有解决.最后给了一个大致的结果,希望能有好运.:)
aroluna (踏雪寻芳踪) 在 ta 的帖子中提到：^_^，我是做实验的嘛：）
Feynman (KaKa) 在 ta 的帖子中提到：呵呵,lylover最怕这样的问题了...不过bioinfor更多是用来找规律的,而不是原来解决特例的,我这么认为
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作者Feynman(KaKa),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日20:43:35星期天),转信
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PNAS上见到好几篇这样的paper了,呵呵,祝好运!
kingsyl (Healthyisfirst.) 在 ta 的帖子中提到：做实验的提问往往是最直接的.前几天我就和一个做实验的合作过,为了解决她提的问题(预测一个相互作用位点),我努力寻找,计算,再寻找,...最后还是没有解决.最后给了一个大致的结果,希望能有好运.:)^_^，我是做实验的嘛：）
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作者lylover(白愁飞(cinderella)),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日21:16:46星期天),转信
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确实。bioinfo无法解释很多特例的，做模型必须省略很多东西的，aroluna问怎么办，呵呵，当然是——凉拌！
Feynman (KaKa) 在 ta 的帖子中提到：呵呵,lylover最怕这样的问题了...不过bioinfor更多是用来找规律的,而不是用来解决特例的,我这么认为
aroluna (踏雪寻芳踪) 在 ta 的帖子中提到：这个方法可行？也你比对后拼接的fullisoform根本就不存在呢？或者在某些情况下，有exon交换利用情况，怎么办？
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作者lylover(白愁飞(cinderella)),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日21:22:03星期天),转信
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yix做的工作，并没有说能够保证100%的准确率的，否则，就不需要做实验了的。生物信息不准确，那么，究竟多准确，做实验的人可以接受呢？100%准确的实验，好像也不见得能找到多少。
对于单个的gene，应该说，只有两种可能，对，或者是错。但是如果拿这个标准来要求生物信息，应该说，所有人做的所有的bioinformatics工作，都没有意义了。你总是可以找到特例的。
对于实验学者来说，计算提供给你的是一系列的结果，这里面大概准确率是多少，是测试过的，比如1000AS，可能会有70%对，但是，具体哪个对，哪个不对，则需要实验验证。
aroluna (踏雪寻芳踪) 在 ta 的帖子中提到：有这样一种现象，我做的那个gene实际是有12个exons的在它的genomestructure上但是事实是实验得到的全长的isoform是不利用exon7的那么如果这样子去预测的话，我觉得很多gene是和我做的gene有类似情况的，那么bioinformaticsprediction就不准确了，对于一大堆gene的database可行，并且还有一个概率上的可信性吧对于单个gene，很不实际的说，我是这么觉得
yix (Punk) 在 ta 的帖子中提到：ifyouhaveanESTwithanovelspliceform,thebestwaytogetthefulllengthisoformistodofull-lenghtisoformassemblyfromsplicegraphs.alternativelyyoucanuseareferencemRNAsequence(likeaRefSeqsequence)asthetemplate,andconstructyourisoformbyswappingsplicepatternsinthereferencesequencewithwhatisobservedinyourESTsequence.Checkthefollowingpapers.Youmighthavetodocertainamountofprogrammingbyyourselftoimplementthesemethods.KanZ,StatesD,GishW.SelectingforfunctionalalternativesplicesinESTs.GenomeRes.2002Dec;12(12):1837-45............................
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作者lylover(白愁飞(cinderella)),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日21:50:37星期天),转信
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没事啦，你说的没错了，我解释的也没有问题，站的立场不同，呵呵
aroluna (踏雪寻芳踪) 在 ta 的帖子中提到：我没有质疑的意思，lylover辛苦了，解释这么长啊，其实我的那个gene的exon7的不利用我一直就很有疑惑的，借题发挥了
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作者lylover(白愁飞(cinderella)),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日21:52:39星期天),转信
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能给出大致的结果已经很强了。真的能完全解决，那个，我对面的实验室岂不是可以关门了？〉
kingsyl (Healthyisfirst.) 在 ta 的帖子中提到：
做实验的提问往往是最直接的.前几天我就和一个做实验的合作过,为了解决她提的问题(预测一个相互作用位点),我努力寻找,计算,再寻找,...最后还是没有解决.最后给了一个大致的结果,希望能有好运.:)
aroluna (踏雪寻芳踪) 在 ta 的帖子中提到：^_^，我是做实验的嘛：）
Feynman (KaKa) 在 ta 的帖子中提到：呵呵,lylover最怕这样的问题了...不过bioinfor更多是用来找规律的,而不是原来解决特例的,我这么认为
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作者yix(Punk),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日22:35:58星期天),站内信件
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isee.yes,it'smyfaultnotputtingtheentiresetofinformationoutyet.thoseproteinsequencesareofcoursetranslatedfrommRNAisoformsequences.i'llbugourwebmanagerandputanentiremysqldumpofthedata(includinginforegardingexon,splice,splicegraphs,est,etc.)outsoon.ThomasBee (Tom) 在 ta 的帖子中提到：ASP?Butonlytranslatedproteinsequences.
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作者yix(Punk),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日22:40:16星期天),站内信件
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nowearenottalkingaboutPREDICTIONhere.wearetalkingaboutinferringfulllengthisoformsequencebasedonEVIDENCEofalternativespliceformfromfragmentaryexpressedsequencedata.Inyourcase,iftheESTdatapointsouttheexonskippingofexon7,thealgorithmshouldproperlyinfera2ndfulllengthsequencewhichcontainsonly11exons(skippingexon7).Peoplearenotenthusiaticaboutpredictingalternativesplicingatthismomentsincethecomplexityisjustoverwhelming.aroluna (踏雪寻芳踪) 在 ta 的帖子中提到：有这样一种现象，我做的那个gene实际是有12个exons的在它的genomestructure上但是事实是实验得到的全长的isoform是不利用exon7的那么如果这样子去预测的话，我觉得很多gene是和我做的gene有类似情况的，那么bioinformaticsprediction就不准确了，对于一大堆gene的database可行，并且还有一个概率上的可信性吧对于单个gene，很不实际的说，我是这么觉得
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作者yix(Punk),信区:Bioinformatics
标题Re:如何得到全长isoform的序列？
时间北大未名站(2004年06月20日22:49:34星期天),站内信件
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hehe.good.
weusedtohavewrittenquitelongargumenttoaddresssimilardoubtwhenourpaperisreviewed.onerefereeisquestioningtheconstructionoffull-lengthisoformfromESTdata,andcitingthatsomedatabasingeffort(likeHAWK)chosenottoutilizeESTdata.thisisourresponse.Ithinkit'sgeneralformanybioinformaticsresearch.thatistosay,therearetwosidesofthestory:validation(whereyouwanttominimizeFP)anddiscovery(whichyouwanttominimizeFNattheexpenseofreasonableFP).
TherefereeexpressesdoubtabouttheneedforESTsequenceassembly,thesubjectofourpaper.Specifically,therefereenotesthatsuchassemblieswillnotbeentirelyreliable,andthatadatabaseprojectforhuman-curatedgeneproducts(HAWK)haschosennottoattemptsuchassemblies.ToourmindsthisisanentirelyreasonablepositionforaprojectsuchasHAWK,whichwasdesignedtoprovidevalidated,human-curatedtranscriptsequences.Inthiscase,theprimaryconcernisvalidation(eliminatingfalsepositives,i.e.erroneoustranscriptsequences).
However,thisdoesnotconsiderthevalueofanothermajorareaofgenomicsresearch,namelydiscoveryofnovelgeneisoformsfromhigh-throughputdata.Inthiscase,theprimaryconcernisminimizingfalsenegatives(i.e.failuretoreportanovelisoformthatisindicatedbytheexperimentaldata),attheexpenseofallowingasmallfractionoffalsepositives.AsReferee2pointsoutwithrespecttofilteringofRNAsthatmayhaveimportantregulatoryfunctionsinsteadofencodingprotein(CommentsfortheAUTHOR,#3),failingtoreportanovelformisalsoaseriouserror(afalsenegative).ThegenomicscommunityneedsbothdatabaseslikeHAWKthatprovideavalidateddataset(attheexpenseofhavingamassivenumberoffalsenegatives),andmethods(likeours)thatprovidesensitivediscoveryofnovelisoformswhichhavenotyetbeenvalidated(attheexpenseofasmallfractionoffalsepositives).lylover (白愁飞(cinderella)) 在 ta 的帖子中提到：yix做的工作，并没有说能够保证100%的准确率的，否则，就不需要做实验了的。生物信息不准确，那么，究竟多准确，做实验的人可以接受呢？100%准确的实验，好像也不见得能找到多少。对于单个的gene，应该说，只有两种可能，对，或者是错。但是如果拿这个标准来要求生物信息，应该说，所有人做的所有的bioinformatics工作，都没有意义了。你总是可以找到特例的。对于实验学者来说，计算提供给你的是一系列的结果，这里面大概准确率是多少，是测试过的，比如1000AS，可能会有70%对，但是，具体哪个对，哪个不对，则需要实验验证。有这样一种现象，我做的那个gene实际是有12个exons的在它的genomestructure上........................... |
