生物信息版范文[3](转载)

显示全部楼层 · 2021-1-30 01:58:55

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蛋白质序列数据库
PIRPIR蛋白质序列数据库是由国家生物医学研究基金会（NBRF）在60年代早期发展建立。该数据库所收集的内容包括了NBRF蛋白质信息资源（PIR），日本的国际蛋白质信息数据库（JIPID）和Martinsried研究所的蛋白质序列(MIPS)。
SWISS-PROTSWISS-PROT是蛋白质序列数据库，是由Geneva大学药学生物化学系和EMBL于1986年共同合作开发的。后来该工作又转到Swiss生物信息学研究所（SIB），因此，该数据库现在是由SIB和EBI/EMBL共同维护。该数据库力图能够提供高水平的数据注释信息，包括对蛋白质功能、结构域的结构、蛋白质翻译后的修饰、突变体等的描述。1996年，由计算机注释的一些序列被补充到SWISS-PROT数据库中，这一部分序列被称作翻译的EMBL，即TrEMBL数据库。
TrEMBLTrEMBL（翻译的EMBL）数据库是于1996年创建并增补到SWISS-PROT数据库中(BairochandApweiler,1998)。该数据库采用SWISS-PROT数据库的格式，包含有对EMBL数据库中所有编码序列的翻译。
NRL-3DNRL-3D数据库是由包含在PIR数据库中的，从BrookhavenProteinDatabank(PDB)(Namboodirietal.,1990)数据库中提取出来的序列构成的数据库。
蛋白质序列复合数据库NRDBNRDB(非冗余数据库)是由NCBI创建的。该数据库是由Genpept（来源于GenBankCDS自动翻译数据库）、PDB序列数据库、SWISS-PROT数据库、Spupdate（每周更新的SWISS-PROT数据库）、PIR和GenPeptupdate(每天更新的Genpept)数据库复合而成。
OWLOWL是一个非冗余的蛋白质序列数据库。OWL数据库是由四个主要的一级序列数据库复合成的：包括SWISS-PROT，PIR1-4，GenBank（CDS翻译）和NRL-3D。
MIPSXMIPSX是一个由Martinsried的Max-Planck研究所创建的合成数据库(Mewesetal.,1998)。MIPSX包含如下数据库的信息：PIR1-4、MIPS的一级数据库--MIPSOwn、MIPS/PIR一级数据库--PIRMOD、MIPS一级翻译数据库--MIPSTrn、MIPS酵母数据库--MIPSH、NRL-3D、SWISS-PROT、EMTrans--EMBL的自动翻译数据库、GBTrans--翻译的GenBank数据库、Kabat和PseqIP。
SWISS-PROT+TrEMBLEBI将SWISS-PROT和TrEMBL数据库合并，构成一个较全面的并且只有最低限度冗余的数据库(Bairoch和Apweiler,1998)。与上面所提到的数据库相比，该数据库只有较少的错误，但它还称不上是真正的非冗余的数据库（据1997年年中的估计，其中包含了SWISS-PROT和TrEMBL中的30%的重复序列）。